疫情爆發之初，從接獲醫師通報到確診病患，平均得花費72小時始能進行防疫工作。疾管署為了因應越來越嚴峻的疫情，已將時效縮短至24小時內，一方面幫助病患及早發現及早治療，一方面能能讓醫療單位盡早介入防疫工作。
疾病管制署署長郭旭崧表示，台南地區登革熱疫情之隱藏期間，容易讓病患持續在社區內傳播，這也是此次疫情如此嚴重的原因之一，估計約有40%到50%的病患是直到住院後才被通報，登革熱從發病前一天到後五天都有傳染力，從發病到通報的這段隱藏期間，是登革熱防治的最大考驗，衛生單位若能夠快速掌握「隱藏」在社區內的病患，後續的孳生源清除、化學噴藥等措施都能快速進行，就能縮短隱藏期。
但疾管署副署長莊人祥表示，對於隱性病患，若無任何症狀，所以無法得知感染時間，若使用NS1快篩，可能因血中病毒量不高，可能驗不出來。此外，有別於過去的SARS與MERS是藉由空氣傳染，此次的登革熱是透過病媒蚊傳播，因此郭旭崧署長呼籲，民眾要防登革熱上身，清除病媒孳生源為登革熱防治是最根本的方法，平時應加強戶內外積水容器清除，以降低感染風險。
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