癌症連續37年蟬聯國人10大死因第1名，為了提高癌症標靶治療的精準度，國立交通大學生物科技學院藥物設計及系統生物團隊與臺北醫學大學乳癌研究團隊合作，研究近2,000種膜蛋白對應15種癌症之生化調控網路，開發「癌症膜蛋白調控網路」，大規模建立膜蛋白與癌症的關係，更找到抑制乳癌移轉的新制藥物，目前向多國申請專利中。研究成果發表於國際頂尖期刊《自然通訊》（Nature Communications）。
交大生科院教授楊進木表示，膜蛋白是目前疾病診斷及治療最重要的標靶，但也是最困難的研究議題，膜蛋白已被認為與諸多癌症息息相關，如果解開其如何透過蛋白質交互作用，進而調控生化途徑導致癌症形成，有助於從根本找出治癌方法，將對癌症診斷與標靶藥物發展有重大影響。
北醫大醫學科技學院教授何元順說明，北醫研究團隊2010年就已證實尼古丁受體與吸菸引起的女性乳癌有關，並發表在知名國際醫學期刊《Journal of National Cancer Institute》，由於尼古丁受體和HER-2都屬細胞膜蛋白，如何開發可同時攻擊尼古丁受體和HER-2的高效能靶向藥物，成為未來開發乳癌藥物的主流方向。
交大研究團隊擬定創新策略，運用大數據及人工智慧，預測出近2,000種在膜蛋白上結合的蛋白質，進一步分析大規模癌症基因表現圖譜，量身打造膜蛋白在15種癌症中的調控網路，探討其扮演角色及重要性；北醫大研究團隊從癌組織及癌細胞切片中證實尼古丁受體和HER-2會形成緊密的結合，而香菸中的尼古丁會導致HER-2自此結構體分離，使HER-2致癌活性更強，殺傷力更大。
交大團隊透過與北醫跨校合作，以膜蛋白為核心，開發預後生物標記及治療藥物，更成功找到1種抗憂鬱藥物，可作為抑制乳癌轉移的新制藥物，經由細胞及動物實驗證實，可有效抑制三陰性乳癌轉移，目前向多國申請專利。
何元順教授團隊致力於研發擁有3彈頭導向的新型抗體藥物，分別針對尼古丁受體和HER-2進行靶向標定，第3個彈頭則攜帶目前臨床最新的治療藥物精準出擊，直接殺死乳癌細胞；楊進木教授研究團隊近期推出全球唯一能提供疾病檢測、疾病亞型分析到藥物開發的「華陀精算（AIP4）」平台，「癌症膜蛋白調控網路」即為該平台核心技術之一；林峻宇助理教授歸國於交大生物資訊及系統生物研究所擔任助理教授，並建立網路醫學與系統生物實驗室。
這項研究由科技部、教育部高等教育深耕計畫、衛生福利部；交通大學生物科技學院、智慧型藥物與智能生物裝置研究中心、生資中心；科技部人工智慧技術暨全幅健康照護聯合研究中心；臺北醫學大學醫學科技學院、癌症轉譯研究中心；國家衛生研究院和台灣蛋白質體計畫等單位共同支持並提供各項協助。
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