即便是健康的腸道也存在著病菌，只是健康的腸道能夠維持益菌和病菌的平衡，而 60%到80%的免疫系統有賴足夠的益菌；不幸的是，美式飲食和傾向主流醫學的藥物使得這樣的平衡遭受破壞，於是小腸細菌過度生長，真菌酵母感染、腸躁症和第二型糖尿病等病症產生。
隨之而來的症狀包括沒有活力、疲倦和肥胖，當人們試圖以更多碳水化合物和咖啡因提神的時候，症狀更是變本加厲，最終產生危及性命的疾病。要想扭轉這樣的不平衡，首先便是要改變飲食，多吃新鮮、高纖、整體的有機食品 (特別是綠色蔬菜)，儘量減少加工食品；如此一來便能營造體內微鹼性的環境(不利於病菌成長茁壯)。同時，也要定期補充益生菌補充品、食物和飲料，讓腸道能有更多益菌。
此外，也有一些藥草可以幫助消除病菌，保持腸道的平衡，像是：
1.大蒜：咀嚼大蒜並吞下能讓大蒜素在小腸釋放，大蒜素能消滅病菌、留下益菌。實驗證實大蒜甚至比青黴素和四環素還強效，能夠在不消滅腸道菌群的情況下增強免疫系統。
2.薄荷油：能在不損害腸道益生菌群的情況下消除病菌，腸溶包衣讓膠囊能夠通過胃，在小腸釋放；傳統醫學已知薄荷油促進腸胃蠕動，卻不知道它只消滅有害的病菌，像是大腸桿菌。
3. 保哥果 (Pau d’Arco)：能治百病，是強大的抗菌藥品，且不會干擾腸道中的好菌。
4. 牛至油 (奧勒岡油)：能有效抗菌，留下益菌，購買的時候要確認是有機或是野生的。
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