咖啡因對健康的負面說法還真不少，有人說喝咖啡會傷肝，且聽感染症權威李秉穎醫師怎麼說。
肝臟是各種物質代謝的大本營，包括咖啡因也是在這裡代謝的，所以肝臟處理咖啡因的能力，可以反映出肝臟是否健康。以此推論咖啡可能傷肝，似乎合理。但是看看最近的研究資料，卻會發現事實完全相反。
早期有許多研究，發現用毒素破壞動物肝臟以後，如果同時給予咖啡因，可以減輕肝臟的發炎與損害程度。205年美國有兩篇重要的研究報告，分別指出喝咖啡可降低肝功能異常的比率，而且每天喝超過兩杯咖啡者，慢性肝病的發生率下降大約六成，尤其是酒癮、肥胖、糖尿病等病人。這些報告發表在消化科最經典的《腸胃學》（Gastroenterology）國際期刊上，代表主流醫學已經接納咖啡可以「保肝」的看法。
同樣地，咖啡也可以降低肝癌的發生率。2007年一個綜合分析十個相關研究的論文，指出喝咖啡的人罹患肝癌的機率比一般人減少約四成至五成。所以，咖啡並不會傷肝。在慢性B型肝炎盛行的台灣，出現許多咖啡專賣店，說不定是件美事？
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